Přišel rok 1939 a s ním německá okupace republiky a druhá světová válka. Zlá válečná léta zasáhla do vlastního provozu PPS poměrně málo, měla ovšem zásadní vliv nepřímý. Je všeobecně zvláštní, že toto období nakonec neznamenalo v běžných plaveckých profesích germanizaci, spíše naopak. Čeští plavci se uplatňovali i v německých firmách. Příčinu je třeba hledat zejména v potřebě nahradit německé plavce odcházející na fronty. Germanizace ale zasáhla řídící aparát společnosti, jednací řečí se stala němčina a ČPSL byla přejmenována na „Böhmisch-Mährische Elbschiffahrtsgesellschaft - Českomoravskou plavební akciovou společnost labskou“ (BMES-ČMPL). Samotná PPS ale byla vždy firmou národnostně ryze českou a tou i za války zůstala.
Ze všech veřejných místností musely být odstraněny veškeré připomínky dřívějšího „uspořádání státoprávního“, tedy busty, sochy a obrazy budovatelů československého státu. Všichni pracovníci PPS museli podepsat tzv. prohlášení o árijském původu. Platila i další četná nařízení, která se týkala nejrůznějších podružností. Bylo například předepsáno vyvolávat při plavbě jména stanic nejprve v jazyce německém a teprve potom českém, vedení BMES zhotovilo dokonce slovníček německých výrazů. Kdo neovládal jazyk německý vůbec, nesměl vyvolávat stanice ani česky. A podobných nařízení bylo mnoho.
Je však zajímavé, že jména parníků zůstala ještě po tři léta původní, tedy česká. Teprve v roce 1942 po nástupu nového generálního ředitele BMES dr. Richarda Taucheho, bývalého okresního vedoucího Sudetendeutsche Partei v Ústí nad Labem, byly parníky přejmenovány. Jména byla ovšem zvolena velmi citlivě. Zajímavé bylo rovněž protektorátní jméno jednoho z parníků, s plavbou zcela nesouvisející, ale do němčiny nepřeložitelné CHRUDIM.