Válečná léta znamenala pro PPS období poměrně silných přepravních výkonů. Parníky byly nejen jednou z mála možností rekreace Pražanů, ale i možností vyhnout se přísným osobním kontrolám a prohlídkám na pražských nádražích. Provoz byl ovšem zúžen na linku do Štěchovic, ale na ní jezdilo až osm parníků denně v obou směrech.
První víkendový spoj plul do Štěchovic už v 7 hodin ráno a poslední v 19.15 večer. Lodě jezdily dobře obsazené. Železniční doprava byla velmi omezena a v posledních dvou válečných letech v úseku Skochovice-Davle zcela zrušena, protože v davelských tunelech nacisté zřídili továrny. Motorové lodě PPS tak zajišťovaly i náhradní dopravu mezi Měchenicemi a Davlí, resp. Pikovicemi. Na přepravních výkonech se výše uvedené okolnosti zřetelně projevily: Zatímco v roce 1937 přepravila PPS 304 667 cestujících, v roce 1940 to bylo již 446 722 a o dva roky později 758 368. Počet přepravených osob postupně šplhal až téměř k miliónu osob ročně.