Paroplavba na Rašínově nábřeží
V roce 1866 postihl Rakousko-Uherskou monarchii politicky významný konflikt, prusko-rakouská válka. Pruská vojska napadla rakouskou monarchii, ke které se připojilo i Sasko. Boje započaly 15. června. V Sasku pruská armáda nenarazila na výrazný odpor a královská rodina musela odjet z pillnitzkého zámku parníkem SBDG do Děčína-Podmokel, odkud pokračovala vlakem do Rakouska. Celý konflikt skončil porážkou saských a rakouských vojsk bitvou, která se odehrála 3. 7. 1866 u Hradce Králové. Pruská vojska pak obsadila Prahu, a proto byla v téměř vylidněném městě paroplavba zastavena. K normalizaci politických vztahů došlo až v polovině srpna, což pro PPS znamenalo téměř celosezónní výpadek a schodek v roční bilanci 652 zlatých. Společnost nezískala od státu žádné náhrady, snad pouze slevu na daních.
V dalších klidnějších letech již PPS zaznamenávala stálý mírný rozvoj. V roce 1875, po úmrtí Františka Dittricha, se stal novým ředitelem Společnosti Jaroslav Procházka. Společnost zpočátku neměla kanceláře, schůze se tradičně konaly v Měšťanské besedě a členové správního výboru se scházeli v soukromí nebo v kavárně. Hospodaření Společnosti bylo dobré, končilo téměř v každém roce určitým ziskem. Bylo tedy možno financovat stavbu dalších, celkem devíti nových lodí, které si PPS nechala postavit v časovém období 1883 – 1896.
Přístaviště Praha, které se v prvních dvou letech existence Společnosti nacházelo u Doubkovy cihelny na Zderaze, bylo roku 1867 přemístěno k podskalskému přívozu. Toto umístění se jevilo jako dosti nevhodné, protože cesta k němu z Nového Města byla poměrně zdlouhavá. A tak v roce 1878 použila PPS prázdné nové náplavky v okolí budovaného Palackého mostu a umístila svoje přístaviště právě sem. Nachází se tady, mezi mostem Palackého a Jiráskovým, dodnes.
K přezimování lodí bylo zprvu využíváno ústí potoka Botiče, ale už v roce 1868 bylo zimoviště přemístěno do nově budovaného Podolského přístavu. Zde zimovaly pražské parníky až do roku 1902, kdy byl dokončen Smíchovský vorový přístav. Ten se pak stal tradičním zimovištěm pražských parníků a teprve v sedmdesátých letech 20. století byla tato zvyklost opuštěna. Ale i dnes slouží smíchovský přístav pražským osobním lodím a parníkům, tedy i lodím PPS, v případě, že se na Vltavě v Praze výrazně zvedne vodní hladina.