V roce 1896 byla ustanovena „Komise pro kanalizování řek Vltavy a Labe v Čechách“, jejímž úkolem bylo realizovat rozsáhlý projekt kanalizace Vltavy a Labe, který byl z větší části financován ze státního rozpočtu Rakousko-Uherska, jako jakási protiváha k rozsáhlým investičním akciím v jiných oblastech, resp. především důležitým dopravním stavbám: druhé železniční spojení s důležitým přístavem Terst a rovněž strategicky důležitá trať spojující Budapešť a Halič.
Komise započala s kanalizačními pracemi na dolní Vltavě už v roce 1897. O dva roky později bylo dokončeno první v Klecanech (výška asi 3,1 m) a další stupně brzy následovaly (Libčice 1901, 3,9 m; Troja 1902, 5,4 m; Miřejovice 1904, 4,0 m). Největší stavbou na celé dolní Vltavě byl Hořínský laterální plavební kanál, dlouhý 9,2 kilometrů, zakončený Hořínskou plavební komorou (1905, výška asi 8,8 m). Stavby prováděla osvědčená stavební firma Lanna, disponující dostatečnými zkušenostmi i lodním parkem potřebným pro realizaci na svou dobu tak rozsáhlých staveb. Jejich hlavním projektantem byl vrchní inženýr firmy, pozdější poslanec vídeňského parlamentu a rektor brněnské techniky prof. Antonín Smrček (1859 – 1951), který kromě projektů na splavnění Vltavy a Labe pracoval i na tehdy projektovaných, avšak nikdy nerealizovaných průplavech mezi Vltavou, resp. Berounkou a Dunajem.
Po dokončení kanalizačních prací na Vltavě bylo v roce 1905 započato s obdobnými pracemi na Labi. V letech 1908 – 1919 byla postavena souvislá kanalizovaná trať mezi Mělníkem a Lovosicemi, kterou pak v letech 1921 – 1936 završila stavba tzv. „Masarykova zdymadla“ v Ústí nad Labem, vystavěného v soutěsce pod malebnou zříceninou hradu Střekova. Započaly rovněž práce na středním Labi, ty ale byly dokončeny provizorně teprve v roce 1943 a úplně po druhé světové válce završením souvislé plavební trati do Kolína a později do Chvalkovic.
Pro PPS znamenala kanalizace dolní Vltavy a Labe možnost rozšíření plavby a výhledově i napojení Prahy na přístavy na dolním Labi, ale také jisté provozně-technologické komplikace.
(16. 9. 1911) Plavební komory pro parolodi mějtež nejmenší šířku 12 m s tím odůvodněním, že šířka našich parolodí v kolesnicích měří 9,80 m, a že tudíž při sebe menším pochybení kormidelníka může loď zcela snadno na ohlaví srubů naraziti, obecenstvo v nebezpečí uvésti a se poškoditi, a to tím spíše, je-li větrem smýkána, neboť pak precisní veplutí do úzké komory jest nemožné.
(Námitky PPS proti kanalizaci Vltavy, bod třetí, Archiv DP)
Plavební komory byly ale postaveny se světlou šířkou v ohlaví pouze 11 m, neboť se tento rozměr tehdy zdá dostatečný. Jen dva stupně pod Litoměřicemi (Lovosice a Střekov) měly plavební komory široké včetně ohlaví 13 m, vzhledem k provozu širších saských kolosových parníků.